В поэме «Торжество земледелия», написаннной в какой-то степени под впечатлением "Ладомира" Велимира Хлебникова (1933) — философское осмысление темы преобразования природы, в поздней лирике — размышление о месте человека в мироздании, общественно-психологические, нравственные проблемы.
Пересказал для детей "Гаргантюа и Пантагрюэль" Ф.Рабле (1936)
19 марта 1938 г. Заболоцкий был арестован и затем осуждён по сфабрикованному делу за антисоветскую пропаганду. От смертной казни его спасло то, что, несмотря на тяжелейшие физические испытания на допросах, он не признал обвинения в создании контрреволюционной организации, куда якобы должны были входить Н. Тихонов, Б. Корнилов и др. Опыт жертвы сталинских репрессий в мемуарах «История моего заключения» (опубликованы за рубежом на английском языке в 1981, в России в 1988). Срок он отбывал с февраля 1939 г. до мая 1943 г. в системе Востлага НКВД в районе Комсомольска-на-Амуре; затем в системе Алтайлага в Кулундинских степях; с марта 1944 г. – в Караганде, уже освобождённым из-под стражи. Частичное представление о его лагерной жизни даёт подготовленная им подборка «Сто писем 1938-1944 годов» – выдержки из писем к жене и детям. В таких условиях Заболоцкий совершил творческий подвиг: закончил переложение «Слова о полку Игореве» (начатое в 1937 г.), ставшее лучшим в ряду опытов многих русских поэтов. Это помогло ему добиться освобождения и в 1946 г. переехать в Москву. В 1946 году Заболоцкий был восстановлен в Союзе писателей и получил разрешение жить в столице. Возобновив поэтическую работу, вынужденно стал одним из крупнейших советских переводчиков поэзии. Заболоцкому принадлежит перевод поэмы Ш. Руставели «Витязь в тигровой шкуре» (1957 — последняя редакция перевода), произведений многих грузинских поэтов.